自新型牧區合作醫療制度實施以來，牧民因病致貧、因病返貧和看不起病問題得到有效緩解，增強了牧民抵禦疾病風險能力。2013年，阿巴嘎旗參加新型牧區合作醫療牧民達到21472人，參合率97.6%，比上年提高0.4個百分點；人均籌資標準達到360元(其中參合牧民個人繳納60元，各級財政補助300元)，比上年提高50元。

　　截至7月15日，該旗共為1241名參合牧民報銷醫藥費用289.7萬元，同比增長61.7%。其中：為837名住院患者報銷醫藥費用275.89萬元；為103名慢性病、地方病、特殊病患者報銷醫療費用12.02萬元；為301名門診就醫患者報銷醫療費用1.79萬元，有效減輕了牧民看病就醫負擔。